iOS9.3全系列固件主要带来的改动就是在控制中心加入夜间保护模式(Night Shift)。控制中心的夜间保护模式图标是一个“月亮眼”，位于计时器和计算器的中间，用户可以选择暂时关闭又或者是明天前保持关闭。

iOS9.3更新内容：

Apple Watch——iOS 9.3发布后，watchOS 2.2也同时发布，iPhone可以与多个Apple Watch配对 ;

Night Shift—— 在显示与亮度界面，增加了冷暖屏幕调节(也就是屏幕色温调节)功能，增加了“减弱蓝光”的选项，可以在一定程度上减弱屏幕光对视力的伤害。

在 Night Shift 模式下，将会减弱通常被设备所忽略的蓝光光线，从而阻止蓝光对用户的生物钟造成影响。有研究指出，蓝光正是导致产生数码视觉疲劳的主要原因，因此通过减弱蓝光在理论上就可以帮助用户更好地入睡。值得注意的是，Night Shift 和苹果的一些功能类似，对于设备的硬件也是有要求的。已经有用户发现，Night Shift 只支持 64 位处理器(A7 或更新的处理器)的 iPhone、iPod 和 iPad。

备忘录——增加备忘录密码保护功能，可以为备忘录设置密码，密保备忘录只能在iOS9.3、OS X 10.11.4版本系统中可见。

苹果新闻——新闻算法进行改善，新加入了横屏模式以及文章中视频播放;

健康——健康应用采用新界面，可以更轻松看到自己的步数、锻炼。在某些类别新加入菜单方便用户发现更多应用;

CarPlay——CarPlay的Apple Music功能支持“为您甄选”和“新内容”功能，地图新加入附近功能，可以定位附近的额餐馆、咖啡厅;

教育——iOS 9.3包含多项新增的教育功能，比如学生分享iPad，全新课堂应用和苹果学校管理等。

Wi-Fi助理——苹果在“Wi-Fi助理”开关处标识了使用期间所耗费的流量，明确告知用户目前用了多少流量。再度关闭开启功能即可重置统计使用Wi-Fi助理期间的耗费数据。